А как будут называться новые каталоги, совсем не важно? Тогда зачем привязываться к старым именам, проще генерировать новые как 1,2,3 и т.д.
P.S. А новая структура не приведет к "невозможности работать нормально", из-за того, что файлы невозможно будет найти?