https://github.com/mailru/FileAPI - вот эта штука умеет загружать картинки и обрезать по координатам, но интерфейс для выбора координат надо прикручивать самому. Еще, насколько помню, там операции поворота, ресайза и кропа применяются только в определнном порядке, т.е. если вам надо уменьшить, а потом вырезать, а в скрипте прописано сначала применяить кроп, а потом масштабирование - у вас без переписывания самого скрипта не получится.