Собираешь данные, загоняешь в базу.
Далее стряпаешь аналитическую модель на основе Qlikview, Tableau, может даже PowerBI.
Связи с верёвочками - пишешь плагин на js с использованием d3.js к Qlik Sense, как пример. С таблом и повербиай не работал, но из той же степи

unity3d?)

Для каких то глобальных знаний которые точно знаю что буду потом использовать -> поставил сервер Confluence,там по пространствам можно всё удобно разделить,оформить.
Для быстрого аля прочитать дома использую Evernote.Раньше был плагин для копирования статей в Confluence из евернота,сейчас он тоже остался,но к сожалению платный