Если говорить про MySQL, то в PunBB, например, как наиболее быстрый вариант выбрали хранение настроек прямо в таблице users: каждой настройке свой столбец.
Если вы часто меняете перечень настроек, то проще вынести их в отдельную таблицу, где ключом будет user_id, а в столбцах будут сами настройки.
Тогда можно одним запросом получить данные сразу в готовом виде, экономить тут смысла особо нет, зато можно делать сложные запросы в случае чего.
А в общем конечно лучше использовать NoSQL для этого.