Вы неправильно ставите вопрос. как хранить — без разницы, данные от этого не испортятся. Вопрос в том что вы будете с ними делать. И тут есть варианты:
Если планируется делать выборки по юзерам по свойствам, например принадлежность к группе, то такие свойства должны быть в явном виде. Нормализовать или нет — решайте сами.
Если же опции используются скопом, например при рендере страницы для него и больше никак, то есть смысл упаковать массив в виде json/xml.
Мне лично нравиться вариант Wordpress, где есть отдельная таблица для именованных опций ( юзера, поста и что там еще ) и в ней храниться либо отдельное значение или массив в виде отдельных строк, но с одним именем, по которым можно делать выборку или сериализованный массив — по желанию. Точнее как удобно их использовать. И при желании все варианты можно миксовать.