ТП не связываются с товарами, потому что изменился ИД самих товаров, поэтому привязок нет.
Пройдитесь скриптом приведите в соответствия идентификаторы (насколько помню внешний код после импорта хранит ид оригинального элемента, но это не точно). Если там хранятся гуиды (обменивались с 1С), то еще лучше по ним проще сопоставить
-
А вообще надежнее SQL дамп переносить, если другой сервер "голый"
-
Как вариант еще посмотрите в сторону
https://github.com/andreyryabin/sprint.migration , в новых версиях появился импорт элементов