Такой вариант ни хуже и не лучше с точки зрения поисковой машины, для нее они равноценны.
Но с другой стороны, домен второго уровня выглядит приличнее и лучше запоминается пользователем.
Живой пример: toster.ru против невнятного qna.habr.com :)
Т.е. это однозначная ошибка маркетологов была.
...однако, тот же yandex с удовольствием использует поддомены ))
кароч, как душа ляжет - так и делайте.
