Делал почти то же, сохранил bat'ничек на случай переустановки Windows :)
@echo on
echo "SETTING SKYPE FILES TO DROPBOX"
fsutil hardlink create %appdata%\Skype\myepiclogin\main.db %DBOX%\rez0n\AppData\Skype\main.db
echo "SETTING VIBER FILES TO DROPBOX"
junction %appdata%\ViberPC\38067xxxxxxx\ %DBOX%\rez0n\AppData\ViberPC\38067xxxxxxx\
echo "SETTING WinSCP FILES TO DROPBOX"
fsutil hardlink create %appdata%\WinSCP.ini %DBOX%\rez0n\AppData\WinSCP.ini
echo "SETTING ManicTime FILES TO DROPBOX"
junction %LOCALAPPDATA%\Finkit\ManicTime\ %DBOX%\rez0n\AppData\ManicTime\
pause
Если я правильно понял, вы делаете наоборот.
В DropBox у вас линки на папки локального диска, но как то более гуманно - папки переместить в DropBox, а на месте папок создать линки в DropBox папку.
