res2001

1.Потому что так работает cmd.exe - это не вина команды set.
Дело в том, что cmd.exe командные файлы обрабатывает построчно.
Он берет очередную строку из файла целиком, перед тем как ее исполнить разъименовыввает переменные, т.е. вставляет непосредственно в команду содержимое переменной и только потом выполняет команду.
Поэтому появляется эффект, который вы описали.
В вашем случае командного файла нет, но cmd.exe воспринимает переданную ей строку как единую команду и работает с ней точно так же как и со строкой командного файла.
Вы можете обойти это просто спустив echo %PATH% на отдельную строку, но для этого придется создать батник.
Но в вашем случае такое изменение переменной PATH ничего вам не даст, т.к. действие команды set будет актуально только внутри текущего сеанса выполнения cmd.exe.

2.Хорошо бы посмотреть как конкретно ругается программа.
Мне кажется, что в первом случае она находит какие-то аналогичные библиотеки, которые лежат в другом месте (прописанном в PATH), но они ей не подходят - другая версия или они вообще левые, просто называются так же.
Во втором случае поиск начинается сразу с нужного каталога и находятся нужные библиотеки.

С помощью runas привилегии повышаются действительно только для встроенного администратора.
Ничего страшного в том, что бы его активизировать я не вижу. Хотите подстраховаться - смените ему имя. Конечно нужно назначит нормальный пароль.
Но сохранять с помощью runas /savecred пароль администратора - это выстрел себе в ногу. С помощью этого сохраненного пароля и runas можно будет любую программу запускать с повышенными привилегиями из-под любого пользователя. Этим вы сделаете большую дыру в безопасности сети.

На самом деле не очень понятна цель этого мероприятия - вы меняете IP адрес. Зачем? Чувствую, что, то что вы хотите добиться, должно быть сделано по другому. Варианты:
1. Сделайте 2 IP на одном интерфейсе и пусть они всегда будут.
2. Организовать доступ в 172.16.11 подсеть через промежуточный шлюз, на котором в зависимости от некоторых условий можно разрешать доступ или нет.
3. Можно запускать netsh удаленно с админскими привилегиями, запускать, конечно должен админ, а не пользователь. Если у вас есть АД, то доменный админ может это делать, если АД нет, то на пользовательском компе нужно выставить ключ в реестре:
reg add HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System /v LocalAccountTokenFilterPolicy /t REG_DWORD /d 1 /f
Этот ключ позволяет при сетевом доступе с админскими правами автоматически повышать привилегии. Локальных пользователей и их привилегии это не затрагивает.

Более конкретно можно будет сказать, если вы опишите цель смены IP.

Тут основная проблема - вывести строку без перевода каретки.
Это можно сделать с помощью такой конструкции:

0<Nul Set /p "Wake Up Neo: "
echo.other text

Дальше выводите таким образом текст по буквенно, между командами вставляете небольшую паузу с помощью timeout или ping.
Для универсальности можно сделать процедуру, которая бы разбивала переданную в параметре строку на символы и выводила с таким эффектом.

смотри set /?

set "fulldir=С:\path\to\file.mp3"
set "fulldir=%fulldir:\=\\%"
или
set "fulldir=%fulldir:\=/%"

dir /b/s "c:\temp\*.zip" >filelist.txt

Немного допилил:

@echo off
set "file=1.txt"
set "search=Заголовок нужных данных"
set "header_line="
for /f "tokens=1  delims=[]" %%a in ('find /i /n "%search%" "%file%" ') do set "header_line=%%a"
if defined header_line (
  more +%header_line% "%file%"
)

Как вариант поставить после pause команду exit, то же будет закрывать консоль. Тогда в старте можно не указывать cmd /c

1.Батником вы можете создать текстовый файл с JAVA кодом:
echo Это JAVA код>>file.txt
Каждую строчку ява кода предваряйте командой echo и в конце операторами перенаправления в файл.

2.Как откомпилировать созданный фай - не в курсе, явой не занимался, думаю что в JAVA SDK есть компилятор командной строки, изучайте его параметры и просто добавьте соответствующую команду в конце батника. Но JAVA SDK не входит в комплект JAVA JRE, который обычно стоит у пользователей компа.

3.Для автозапуска - поместить в автозагрузку. В винде несколько вариантов автозагрузки, гуглите и смотрите, что вам больше подходит.
Самый простой способ - поместить батник в каталог автозагрузки текущего пользователя, но возможно вам не это нужно.

4.Про закрытие - видимо вам нужно предотвратить не закрытие батника, а закрытие выполняемого java кода. В любом случае это достаточно не тривиально и любой способ можно так или иначе обойти.
Самый простой вариант - стартовать второй процесс, который будет следить запущен ли первый и если нет, то запускать. Но гарантии нет, т.к. сначала могут прибить второй, а потом первый.
Возможно вас удовлетворит вариант, например, с сокрытием окна выполнения батника, но стандартного способа не существует, есть не стандартные варианты типа утилит cmdow, nircmd - они это умеют (но, например cmdow антивирусы не любят, хотя это и не вирус), так же можно скрыть окно с помощью простого скрипта на vbs/js - гуглите.

5.На счет запуска из-под администратора - есть команда runas, но она спрашивает пароль, который надо вводить руками. Есть сторонние варианты подобной утилиты - гуглите.

PS: Ваши хотелки в совокупности достаточно подозрительно выглядят. И они не решаются легко.

По моему cmd не работает с UNC путями. Можно либо подключить сетевой диск с помощью net use, после копирования отключить. Либо сделать это на PowerShell.
В cmd узнать что в компе есть флэшка можно, например, анализируя вывод wmic value.
wmic умеет работать с удаленными компами.

1. На счет символов % Moskus правильно сказал, их нужно удваивать в батниках, чтоб они сохранились в параметре программы. Плюсую. Думаю, что проблема именно в этом.
2. Батники всегда исполняются в среде cmd. Собственно это cmd.exe является интерпретатором командных файлов (.bat и .cmd). Даже когда вы в проводнике запускаете батник двойным ЛКМом, проводник вызывает cmd.exe для исполнения скрипта. В этом легко убедится с помощью менеджера задач.
3. Переменной %{localtime\:%X} в cmd никогда не было.
Это легко проверить введя команду set в cmd, она выдаст список всех переменных окружения. Это внутренняя переменная mvp, отношения к cmd не имеет.