@echo off
if java -jar "SOAPClientDummy02.jar" input.txt | find /i "Stubs on dummy02 work correctly" goto success
echo Something gooes with errors on dummy02
:success
echo Stubs on dummy02 work correctly
pause
При выполнении данного батника выходит ошибка: -jar was unexpected at this time
Потому что у вас вызов java ... стоит в операторе if.
Я не понял что вы хотите этим сказать.
В любом случае это не корректно - if не может вызывать внешних программ как в bash.
О чем и сообщается в ошибке, правда ошибка может показаться несколько нелепой на первый взгляд, но на второй уже все нормально :-)