В предположении, что все папки находятся в одном корневом каталоге (в примере c:\tmp), то примерно так будет:
@echo off
set "source_dir=c:\tmp"
for /f "tokens=* delims=" %%a in ('dir /s/b "%source_dir%\*" ') do (
rar a "%%~dpna" "%%~fa"
del /f/q "%%~fa"
)
Если папки разбросаны по разным местам, то нужно вносить изменения, например хранить список папок в текстовом файле или в переменной, затем в цикле перебирать каждую папку и упаковывать. Схема будет похожа на вышеприведенный скрипт, немного изменится цикл. Более предпочтительным видится вариант хранения списка папок в отдельном текстовом файле
В вопросе ничего не сказано куда записывать архивы. Если их записывать туда же, где были исходные файлы, то при повторном вызове скрипта будет конфликт. Нужно предусмотреть пропуск архивных файлов.