res2001

Точки монтирования винда скорее всего прописывает в реестре. Узнайте где именно и в каком формате создается запись (можно методом тыка). Потом, загрузившись с лив диска, добавить в реестр нужную запись, перенести файлы на том, оставить пустой каталог.
Думаю с Program Files так должно получиться, с системной папкой - нет.

Но может пойти от обратного? Системный диск оставьте в покое - перенесите профили пользователей. Это делается легко и без ущерба для работы винды.
Так вы решите проблему с внезапным окончанием свободного места на системном диске. Если заинтересует - скажу что надо сделать.
Я давно уже не оставляю пользователей на системном диске. Проблемно может быть только перенесение профиля All users - на него ссылается куча сим.линков, но и это переносится - гугл в помощь.

Сплиттер - это видимо все таки коммутатор/хаб/свич.
На компьютер1 нужно установить фаервол с НАТом, лучше воспользоваться какой-нибудь готовой сборкой, что-нибудь типа pfSense или другую аналогичную по функционалу. На НАТе пробросить порт, чтоб был виден веб сервер в интернете. На счет "старенького компьютера" для роли компьютер1 - старость зависит от канала в интернет, если там нормальная скорость, то благодаря "старости" вы можете ее никогда не увидеть.
Веб сервер - обычно используют апач, можно и виндовый IIS.
На схеме есть еще "чужая сеть", не ясно что это за сущность, нужен ли в нее доступ в локальную сеть/ваш интернет. По уму между чужой сетью и вашей то же нужно поставить фаервол (можно рассмотреть возможность использования компьютер1 и для этого) или отделить ее в отдельный VLAN на коммутаторе, чтоб сети не пересекались.
С неизвестным беспроводным соединением лучше разобраться и сделать его известным, а то, не ровен час, что-нибудь там отвалится а вы не будете знать что делать.
Не ясно назначение wifi роутера, в зависимости от планируемого применения wifi нужно предпринять некоторые действия. Например, если на wifi будут сидеть только ваши сотрудники - это одно, если он будет публичным с доступом только внутрь сети - стоит его то же сильно ограничить в доступе к сети через фаервол или средствами самого роутера. Если публичный с доступом в инет - это совсем другая история - вы становитесь оператором связи :) лучше этого избегать.
Хорошо бы найти спеца, который бы все это настроил и поддерживал, хотя бы "приходящего".

Отобрать у юзеров админские права. Тогда никаких критичных параметров изменить не смогут.

Загрузитесь с какого-нибудь live носителя и проверьте работу USB.
Если там будет нормально, то проблемы в винде (драйвера, вирусы, антивирусы, DLP, ...).
Если и в live системе так же - проблема скорее всего аппаратная: возможно блок питания или мамка. Сбросить БИОС в настройки по умолчанию, обновить прошивку материнки, проверить блок питания, поменять мамку.

Делай WEB приложение, браузер и веб-сервер за тебя закроют половину проблем со связью.

Диск работает в режиме AHCI, а Windows XP в принципе не понимает этот режим из коробки. Либо нужно выставить в БИОС режим ATA/IDE, либо подсунуть установщику дисковые драйвера с поддержкой AHCI. Драйвера искать у производителя чипсета, должен быть специальный набор для установки Windows XP (по крайней мере у Intelа так). Так же можно использовать сборку ХР в которой уже есть нужные драйвера, но я бы не стал использовать сборку, лучше потратить время и найти их. Правда есть нюанс - загрузчик ХР хочет чтоб драйвера для диска были на флоповоде, можно на USBшном. Но по нынешним временам - это редкий зверь.
На ноуте может и не быть в БИОСе отключения AHCI, на десктопах, как правило еще есть.

Можно из командной строки удалять с помощью wmic.

Системный шедулер и батник/шел скрипт.

Варианты:
1.делать шары с доступом для группы "Все"
2.разблокировать гостя и дать ему права на нужные шары

PGP Desktop от сумантека или бесплатный аналог GPG.
PGP Desktop можно юзать бесплатный функционал (это как раз шифрование файлов), все остальное платное. Интерфейс прост, самое сложно сгенерировать ключи и обменяться открытыми ключами, сам процесс шифрования/расшифрования делается в 2 клика. Чтоб скачать нужно зарегистрироваться на сайте.
GPG, когда я его последний раз видел, был не особо "юзер френдли", что сейчас, не знаю.

Собственно, должно у тебя уже все находится.
Ты все правильно делаешь - добавил нужные папки в пути для индексации, после индексации все находится.
В настройках индексации можно принудительно перестроить индекс, а так же можно перенести каталог с индексом в другое место, возможно не хватает места для индекса. Так же можно посмотреть в журнале винды ошибки от службы индексации.

nircmd в помощь и в планировщик задачу на простой системы.

Wake on LAN там же.

Блокирует или собственный фаервол хоста или фаервол на шлюзе.
Отключите виндовый фаервол на хосте (хотя он подобным не страдает по умолчанию, но его можно настроить на блокировку чего угодно), если есть отключите другие фаерволы (например входящие в состав антивирусных пакетов).
Если это не поможет - блокирует шлюз и надо разбираться с ним.

Добавлял ДНС суффикс в Компьютер-Свойства-Дополнительные параметры системы-Имя компьютера-Изменить-Дополнительно.
У меня правда Win7Pro, с home версией не проверял.