Юзерам при регистрации на сайте прилетают инструкции на почту. Яндекс считает, что это спам и блокирует..
У Яндекса насколько я помню есть ряд ограничений, в т.ч. раньше было ограничение - не более 100 исходящих писем в час. Если Вы хотите отправлять различные системные письма (инструкции, уведомления и пр. им подобные) - рекомендую воспользоваться специализированным сервисом для отправки писем, ряд из них предоставляет в т.ч. и бесплатные пакеты. К таким сервисам в частности можно отнести:
1. MailGun (как выше уже озвучили)
2. UniSender
3. MailChimp
4. SendPulse
И масса других
P.S. А ещё у Яндекса есть поддержка, я думаю самым разумным было бы в первую очередь обратится к ним и спросить, по какой именно причине Ваши письма считаются спамом (если правила пользования почтой Вы уже прочли и уверены в том, что не нарушаете их).