PDO защищает от sql injection. Вам еще понадобится выводить данные пользователям так чтобы не было XSS. Ещё вам нужна будет защита CSRF. И ещё по мелочи.
В общем берите laravel или symfony и не мучайтесь.
В т.ч. можно использовать логон-скрипты, ровно так же, как и на виндовом домене - должны располагаться на шаре, доступной для пользователей и компьютеров домена.
Если памяти достаточно всем софтинам проблем ну бедт. У нас на нагруженном проекте, пока новые сервера не дали, и слон и мускуль стояли и работали отлично на одном сервере, мы просто подтюнили потребление памяти
