пока вы не трогаете прошивку, к вам нет никаких претензий, т.е. сброс до заводских настроек все вернет назад.
Но вот если вы меняете прошивку, делаете рут и т.п. вот тогда у сервис центра есть право отказать в ремонте.
Но я помню случай, когда сервис бесплатно заменил прошивку на стоковую. Вполне допускаю это лично решение конкретного специалиста в сервисцентре, а не прописанное правило.
p.s. обычно софт не может сломать оборудование а значит повлиять на бесплатное сервисное обслуживание, но бывают случаи, особенно если это сделано намеренно, когда это не так, и сервис центр может это знать и учитывать, приведу пример из мира PC, в биосе можно включить overclock и задать значения (вольтаж, настройки охлаждения, частоты) вне допустимых и повредить оборудование в прямом смысле.. там много защит, но они не панацея, и всегда остается шанс... так вот прямо в биосе указано что использование этих разделов МОЖЕТ лишить гарантии.