rPman

Весь ssd диск выделяете под дисковый кэш bcache (чтение запись) и поверх него btrfs или, если достаточно оперативной памяти, как штатный кэш zfs (только чтение). Вместо разделения диска на разделы dos, пилите тома btrfs/zfs, с очень гибким использованием пространства.

Имеет смысл / и /home вынести в отдельные тома, персонально разделы ОС как то выделять не стоит, как это было лет 10-20 назад. Своп раздел позже разместите внутри одного из томов btrfs/zfs отключив для него фишки cow и прочие.

Разделение на тома имеет смысл для гибкого контроля занимаемого места и может быть управления.

p.s. если используется uefi (а он скорее всего используется) то вам потребуется раздел uefi boot и штатный бут сектор dos mbr или gpt.

sda - ssd, sdb - hdd

sda1 - 110Gb кэш
sda2 - 10Gb защитная область для дешевых ssd (не от глюков а от сильного падения производительности)
sdb1 - 100mb - uefi boot
sdb2 - оставшееся место под диск bcache+btrfs/zfs

отключи службу коррекции времени ntp

kubuntu/ubuntu/xubuntu - в общем любой из семейства убунты (отличаются предустановленным выбором DE) не потому что лучший но потому что коммунити больше всего, и вопросы с ответами в гугле с большей вероятностью про нее будут.

p.s. быть готовым к проблемам с железом, так как производители из кожи лезут чтобы поставить палки в колеса конкуренту, а именно работа GPU и периферии не гарантируется той что привычна. Например переключение дискретная/встроенная видеокарта, или неправильная работа тачпада (точнее отсутствуют фичи производителя но присутствуют от коммунити линукс), неработающий блютус и т.п.

Подключаете физический диск как диск в виртуальную машину (читайте про команды VBoxManage internalcommands и уже изнутри виртуальной машины делайте копию, всем что вам понравится.

Я советую это делать не из системы, которую вы копируете, тогда у вас появится возможность использовать оптимальные инструменты, тот же clonezilla удобный и многофункциональный, позволит не только скопировать но и делать это с разными размерами источника и диска назначения.

попробуйте запустите winecfg и поискать там компоненты типа directx и opengl, возможно в вашей установке wine4 никаких компонент не установлено, а на 3.2 они установились как зависимость к какой-нибудь программе

Причина ваших проблем - windows 10, который по собственной инициативе восстанавливает загрузочный сектор
Загрузчик windows должен быть установлен на 1тб диске, а grub на 250гб, в кчестве бонуса вы можете использовать выбор загрузочного диска BIOS (по F11 или F12)