Подключаете физический диск как диск в виртуальную машину (читайте про команды
VBoxManage internalcommands и уже изнутри виртуальной машины делайте копию, всем что вам понравится.
Я советую это делать не из системы, которую вы копируете, тогда у вас появится возможность использовать оптимальные инструменты, тот же clonezilla удобный и многофункциональный, позволит не только скопировать но и делать это с разными размерами источника и диска назначения.