Linux скрипт тебе тут вообще не нужен, просто делай всё на уровне PHP.
Потом, когда скрипт работает корректно добавляешь его в cron. Profit.
Использование очередей для такой мелкой задачи не имеет смысла.

Скиньте полную строку. А вообще,
\x указывает шестнадцатеричную нотацию.
Посмотрите на таблицу ASCII, чтобы увидеть, что представляют 0x00 и подобные символы.

Можете попробовать так:
(с) Оригинал

foreach (str_split(substr($string, [start of data]), 2) as $chunk) {
    $d = unpack("H*data", $chunk);
    $array[] = hexdec($d["data"]);
}

session_start() Нигде не потеряли?

В том-то и дело, что вы подключили его 2 раза.
1 раз напрямую в php.ini
А второй раз он подтягивает расширения отсюда:
/etc/php/7.1/cli/conf.d/20-mongodb.ini.
Уберите его в php.ini или по пути выше и всё будет ок.

А если предварительно файл добавить в архив и разбить на части, а потом отправить. Единственное, пользователю придется его собрать.