Alex Merfy

А если предварительно файл добавить в архив и разбить на части, а потом отправить. Единственное, пользователю придется его собрать.

В том-то и дело, что вы подключили его 2 раза.
1 раз напрямую в php.ini
А второй раз он подтягивает расширения отсюда:
/etc/php/7.1/cli/conf.d/20-mongodb.ini.
Уберите его в php.ini или по пути выше и всё будет ок.

Создайте своё собственное PHP-расширение.
https://habr.com/ru/post/98862/

Самое просто решение - сделать так:

1. В начало вставить
$mem_start = memory_get_usage();

2. В конец
echo memory_get_usage() - $mem_start;

$frow !== "false"
Если вы используете строгое сравнение и $frow у вас инициализированно, как $frow = false, то это условие никогда не выполнится. Попробуйте убрать ковычки и написать так:
if ($frow !== false && $price == $stoimost) {

Сделайте для папки с файлами chown -R www-data: /path/to/folder

Вы, наверное, не правильно понимаете назначение AJAX запросов. Для начала, я бы рекомендовал вам ознакомиться со статьёй Тут.
А если вкратце, то это технология позволяет сделать запрос и получить ответ, без перезагрузки страницы.

Предположим, по этому же скрипту, в index php отослать то, что пришло с обработчика. допустим какую нибудь перемененную.

Оно так и будет работать, вы делаете запрос на бэк, скрипт обрабатывает ваш запрос и данные, которые вы отправили и отдает результат, который вы можете положить в переменную либо сделать всё, что душе угодно.
Вот простенький пример:

$.ajax({
  type: 'POST',
  url: 'response.php?action=sample2',
  data: 'name=Andrew&nickname=Aramis',
  success: function(data){
    $('.results').html(data);
  }
});

В data и находится ответ от пхп скрипта.

А конкретно в вашем примере:

document.getElementById(result_id).innerHTML = response;

document.getElementById(result_id).innerHTML - можно заменить на let data = response.

session_start() Нигде не потеряли?

Скиньте полную строку. А вообще,
\x указывает шестнадцатеричную нотацию.
Посмотрите на таблицу ASCII, чтобы увидеть, что представляют 0x00 и подобные символы.

Можете попробовать так:
(с) Оригинал

foreach (str_split(substr($string, [start of data]), 2) as $chunk) {
    $d = unpack("H*data", $chunk);
    $array[] = hexdec($d["data"]);
}

Всё должно работать. Проверьте у себя в php.ini строку
allow_url_fopen = on

Linux скрипт тебе тут вообще не нужен, просто делай всё на уровне PHP.
Потом, когда скрипт работает корректно добавляешь его в cron. Profit.
Использование очередей для такой мелкой задачи не имеет смысла.