Alex Merfy

В том-то и дело, что вы подключили его 2 раза.
1 раз напрямую в php.ini
А второй раз он подтягивает расширения отсюда:
/etc/php/7.1/cli/conf.d/20-mongodb.ini.
Уберите его в php.ini или по пути выше и всё будет ок.