Maven
pom.xml
<plugin>
    <groupId>com.zenjava</groupId>
    <artifactId>javafx-maven-plugin</artifactId>
    <version>8.1.2</version>
    <executions>
        <execution>
            <goals>
                <goal>jar</goal>
            </goals>
        </execution>
    </executions>
    <configuration>
        <mainClass>MainApp</mainClass>
        <vendor>Company</vendor>
        <jfxAppOutputDir>target/jfx</jfxAppOutputDir>
        <verbose>true</verbose>
        <appName>App</appName>
    </configuration>
</plugin>
Собирать проект через Maven -> Install. В IDEA это есть - 
i.imgur.com/7ucuVDH.png
В target/jfx/ будет находится нужный jar-файл. И да, как сказали выше, в самой директории target/ также появится jar'ник, но нерабочий