Я использую и Styled Components, и CSS Modules. Все зависит от конкретной задачи. Где-то удобнее использовать Styled Components, где-то CSS Modules. И даже инлайн стили иногда могут пригодиться. И все это, конечно же, можно совмещать ;)
Autoprefixer по умолчанию включен в CRA. Вы можете кастомизировать его путем указания browserslist в package.json файле. По умолчанию он имеет такие значения
Мне нравится использовать CSS Modules. Можно в каждом компоненту определять стили с одним и тем же названием, например "container", а не "appbar-container", "appbar2-container" итд и не париться, что он встречается в другом компоненте.