Целостность данных проверяется не через md5, а через тестирование архива.
md5 позволяет быстро проверить, что файл не изменился. При этом md5 не гарантирует, что файл изначально не был создан битым.
Копию md5 делаю на случай порчи оригинального md5. Ведь если оригинальный md5 испортится, то при проверке бэкапа будет ошибка, но по факту бэкап может быть цел и для этого как раз и делаю копию md5.
Бессмысленно. md5 всегда можно сгенерировать с файла заново. Если с md5 что-то не так, надо не другой md5 искать, а проверять сам архив. Поэтому одного md5 достаточно.