Можно переписать на
Spring JdbcTemplate
достаточно удобная вещь (и вам на неё будет просто перейти)
(в последней версии можно делать именновонные параметры, вместо "?", что удобно)
SQL можно вынести в файл, но часто удобнее когда они в коде. Смотрите по ситуации.
С точке зрения дальнейшего частого рефакторинга базы, лучше использовать JPA (аля Hibernate),
но там не всегда просто написать нужный запрос.
