pfg21

предполжу шелкография на керамику хорошо не ложится.

в принципе - главное согласовать амплитуды сигналов.
если у тебя генератор выдает сигнал более широкого диапазона чем сможет скушать АЦП, то будет плохо.
подогнать уровни можно резистивной цепочкой или на операционных усилителях. конкретная схемотехника зависит от напряжений и все такое.

выход АЦП аналогично, схемотехника зависит от необходимых сигналов на выходе.

плюс сглаживание ФНЧ и т.д.

Паралельно можно объединять сколько угодно конденсаторов, емкости просуммируются.
На разных частотах они будут работать как по отдельности.
Скажи лучше прямым текстом чего надобно-то ??

Еще такой вариант: поставить любой из USB-232 преобразователей, они сейчас дешевы до ужаса, но посоветую ft232 и иже с ними - стабильнее.
в ентом инитерфейсе кроме TxD RxD, заточенных на передачу последовательных данных, есть набор управляющих входов/выходов RTS CTS DTR DSR RI DCD RI, которые прекрасно можно использовать как GPIO :) погугли реализацию 1wire на rs232 к примеру.