пароль пользователя в открытом виде нигде в линухе не хранится. это будет дыра в безопасности размером больше секретарши :)
в /etc/shadow лежит хеш пароля пользователя (с солью и прочими прибамбасами).
если ты к этому файлу имеешь доступ, то можно взять хеш, взять алгоритм формирования хеша и проверить введеный пароль пользователя на совпадение с хешом в shadow.
но имхо лучше смотреть в сторону
PAM я думаю это как раз то, что тебе нужно.