Ошибка, как часто в таких случаях и бывает, оказалась крайне глупой:
При автозамене "/path/to/app/" на "/var/www/nextcloud/" не было учтено существование "/path/to/app" т.е. без слеша в конце строки. Таким образом, путь был заменен 5/6 элементах конфига.
В итоге, когда соответствующий блок дефолтного конфига был приведен к виду:

{
   "action": {
      "share": "/var/www/nextcloud$uri",
      "fallback": {
         "pass": "applications/nextcloud/index"
      }
   }
}

результат стал соответствовать ожидаемому