Ошибка, как часто в таких случаях и бывает, оказалась крайне глупой:
При автозамене "/path/to/app/" на "/var/www/nextcloud/" не было учтено существование "/path/to/app" т.е. без слеша в конце строки. Таким образом, путь был заменен 5/6 элементах конфига.
В итоге, когда соответствующий блок
дефолтного конфига был приведен к виду:
{
"action": {
"share": "/var/www/nextcloud$uri",
"fallback": {
"pass": "applications/nextcloud/index"
}
}
}
результат стал соответствовать ожидаемому