pavlletto

Отвечу сам себе, надо подправить config.php, а именно добавить

'appstoreenabled' => true,
  'appstoreurl' => "http://api.apps.owncloud.com/v1",
  'appcodechecker' => true,

Потом ставим как обычно
Я также сделал отдельную секцию для сторонних приложений и закидываю их в папку apps2:

'apps_paths' => array(
	0 => array(
		'path'=> '/var/www/owncloud/apps',
		'url' => '/apps',
		'writable' => true,
	),
	1 => array(
		'path'=> '/var/www/owncloud/apps2',
		'url' => '/apps2',
		'writable' => true,
		),
	),

git init не нужен, если потом используется git clone.

Ошибка из-за того, что на сервере есть изменения, которых у Вас нет в локальном хранилище.
Нужно сделать git pull перед git push.

Зависит от оклада и уровня разработчика.