вот мой вариант, смотрите сколько всего отмеченных ответов, потом 100 делите на количество всех отмеченных ответов, например 100 / 4 = 25% на ответ, потом вычисляйте количество правильных ответов, если их 2, то процент правильных ответов получитсья 50%, с каждым неверным ответом уменьшается количество процентов за правильность, и штрафы не нужны, просто пользователь если накликает из 10 ответов 10, и из них будет только один правильный, то он получит 10%, а если бы отметил только 2 галочки, то получил бы 50%, если вам так нужны штрафы, то сделайте коэффицент, который будет отниматься от количества привильных ответов, допустим с каждым неправильным ответом отнимается один процент, в итоге из 10 если юзер отметит 10, то и получит 1%, т.к. 10% за правильность получил, - 9% за штрафы. как-то так)