Вы читали кучу мануалов, но упустили самое главное - официальная документация. Как так? Там как раз и говорится как делать и почему. На вопросы уже поотвечали, но пройдусь ещё раз, раз столько времени на чтение ответов потратил :>
1) https://docs.docker.com/engine/userguide/dockervolumes/
2) https://docs.docker.com/engine/articles/host_integ...
3) Ответ простой - как хотите. Как лучше знаете только вы, звучит банально, но это так. Хотите хоть всё в один контейнер запихните, это ваше дело. Хотя рекомендуют 1 компонент на 1 контейнер. В этом есть своя логика - хочется обновить только mysql - обновляете этот контейнер и не думаете, поломался ли у вас uwsgi или nginx или ещё чего.
4) Напишите свой первый Dockerfile, станет куда яснее как выбирать. А пока доверяйте только официальным образам.
5) git? Этот вопрос - следствие непонимания вопроса 1)
6) Уже ответили. Самое простое, если не понимаете - не используйте dockerhub вообще. Или начните понимать. :) Или платите за приватные репозитории, чтобы не думать об этом.

Всем спасибо за ответы, прислушаюсь к советам. Проблема оказалась с php_value mbstring.func_overload. На этот раз мне повезло, версия php 5.2.6 и можно через htaccess изменить это значение, вот что делать с более новыми версиями ума не приложу.

500я ошибка - верный признак сначала смотреть в логи сервера.