1) Установите php extension xdebug
Включите этот extension, а также профилирование в настройках xdebug
xdebug.profiler_enable = 1
Обратите внимание на эти 2 опции (куда складывать профайл файлы):
xdebug.profiler_output_dir
xdebug.profiler_output_name
2) Выкачиваете файлики профилирования себе на девелоперскую машину, далее скармливаете такой утилите как QCacheGrind. Она довольно быстро проанализирует их и выдаст вам какие методы, сколько раз вызывались, и сколько процессорного времени ушло на обработку. Результаты можно сортировать.
3) На продакшене xdebug лучше отключить.
