C версии bash 2, можно использовать нотацию ${!variable}
$ echo ${!param}
123

Зависит от файловой системы. Для ext3/ext4 большое количество файлов не проблема.
Разделять нужно обязательно, т.к. будет удобней бекапить, обслуживать и разрабатывать.

Ajenti habrahabr.ru/blogs/i_am_advertising/104911/
www.ehcp.net/
www.ispconfig.org/
www.zentyal.org/

www.craftysyntax.com/index.php подходит под описание

1. исправить код на использование fsockopen/curl/…
2. сделать прозрачное проксирование на iptables+squid