ну вам же выдало в конце оптимизации
query_cache_size (>= 8M)
join_buffer_size (> 128.0K, or always use indexes with joins)
tmp_table_size (> 16M)
max_heap_table_size (> 16M)
thread_cache_size (start at 4)
table_open_cache (> 4)
так как у вас дохрена данных в майисам надо включить кеш еще