Когда у нас висел мускул, мы так же искали причины возникновения проблемы. Логи чистые, запросов на сервер не много. Процессор и память свободны, но сайт и мускул лежат. Причины могут варьироваться от используемого на сервере, и логи не всегда могут помочь. Нужен комплексный подход к поиску причин.
В первый раз у нас повесила длительный таймаут на телеграмм боте.
Во второй раз нас повесил длительный и частно выполняемый запрос к базе. Нагрузка выросла и запрос показал все свою несостоятельность. Выявить такую проблему помог запрос SHOW FULL PROCESSLIST;
В любом случае, ищите проблемы. Не всегда в логах есть ответы, иногда нужно их искать там, где вы даже не ждете.
