Если низкочастотники приносит меньше 100к рублей в месяц можно просто забить и переделывать если больше то просто сделайте новый сайт и переияните трафик с частичным потерями на него
В зависимости от рефера, юзерагента и прочих параметров сайт показывает свой контент
Обычно достаточно посмотреть все последние измененны1 файлы по дате чтобы найти вирус