1 нет, есть вариант для налоговой где получаешь лицензию на услуги типо бухучета покупаешь софт и в нем можно подписывать бумаги и через него же отправлять, но только в налоговую
2 если совсем все подписывать то надо каждому свой ключ
3 не понятно зачем их подписывать в пхп софт уже есть готовый и в целом удобный для бухгалтера.