Наймите уже админа он поставит вам мониторинг и статистику и сразу будет видно в чем проблема
в данном случае очевидно что перегружен пхп , то есть слишком много юзеров или слишком медленные скрипты, своего рода ддос , логично посомтреть слоулоги в мускуле или пхп и оптимизировать медленную часть или как то попытаться оптимизировать сервер сайд