В такой постановке задачи справится и однострочник на баше:
cat inp001.txt | ssh -i somekey.key user@server.net "cat >> /tmp/out001.txt"
А так есть еще множество способов - посредством АПИ через post-запросы, через некоего посредника очереди сообщений, посредством передачи через ftp и прочее...
