Да, для хранения, добавления и чтения данных с анализом этот подход очень хорош, ценой незначительного для твоих объемов (кратного,
Rsa97 все расписал) ты получишь огромный прирост производительности. Настоятельно рекомендую протестировать на тестовом стенде на своих данных, особенность хранения null записей в innodb и работа индесов с ними. Что лучше в твоем случае парный индекс в денормализованной форме или 200 индексов в нормальной можно будет определить только тестами (большая таблица может потребовать больше оперативной памяти на индексы).
Есть еще недостаток - если в таблице будет очень много данных, добавление и тем более удаление колонки будет проходить очень медленно, особенно если база данных в это время будет использоваться.