У меня сделано по Вашей схеме, кроме клавиатуры. Но вообще маковская клавиатура меня до сих пор напрягает.
Ещё купил переходник для второго винта, вот с ним надо внимательно, они разные для первого и второго HDD и на разных поколений mini.
С переносом системы проблем не возникло, в сети описаны различные варианты, но сам я уже не помню, как именно это сделал.

Из этих двух конфигураций я исключительно за Air. Прошку брал бы только с 16GB (и только ради этого). Потому что 8 уже на грани, и очень скоро будет не достаточно. А добавить не получится ни в том, ни в другом. Дискретная графика уже не актуальна, наверное только для 3D. А с высокими разрешениями монитора и встроенная справится.