использовать любой удобный протокол - например Firmata.
Т.е. открываете последовательный порт и шлёте в него сообщения заданного формата, которые обрабатывает скетч на МК и соответствующим образом управляет шаговиком.
сейчас тренд на роботов телеприсутствия, гибкая автоматизация (типа бакстера - http://robocraft.ru/blog/robots/1031.html ) + ещё роботы для сельского хозяйства.
одна проблема - у нас пока и с простой автоматизацией, вернее с самым простым производством/сельским хозяйством бооольшие проблемы ;)
Успехов!
