Ответ надо посылать со скрипта который обрабатывает запросы от бота
Можно быстро отправить код 200, закрыть соединение для бота и продолжить выполнение тяжёлой задачи в фоне
в nginx (php-fpm)
<?php
//отправляем ответ 200 и закрываем соединение
http_response_code(200);
fastcgi_finish_request();
//тут долгая задача
Apache (mod_php)
<?php
ob_start();
http_response_code(200);
header("Connection: close\r\n");
header("Content-Encoding: none\r\n");
$size = ob_get_length();
header("Content-Length: ". $size . "\r\n");
ob_end_flush();
flush();
//тут долгая задача в фоне