Существует два метода подобного рода миграции.
1. Поставить Nginx перед Apache. Тут в принципе всё просто. Статику (картинки, js, css и т.д.) раздает Nginx, динамику (php) проксирует на Apache. Подводные камни: правильное разделение контента на статический и динамический, отключение логгирования для статики, выставление правильного времени кэширования.
2. Отказаться от Apache полностью в пользу Nginx. Потенциально дает больший прирост производительности. Лучше выполнять постепенно, после 1го метода. Подводные камни:
придется переписать .htaccess на директивы Nginx. Для популярных движков типа Joomla, WordPress это уже сделано, в других случаях придется курить регэкспы. mod_php скорее всего придется заменить на php5-fpm, тут вроде ничего сложного. По поводу comet'ов надо будет поставить
http_push_module для nginx. Всё, кроме последнего недавно сам прошел, производительность здорово подросла. Немало в этом помогло подключение memcached к nginx, в разряд статики перешли динамические странички, закэшированные для гостей.