У вас MySQL использует гигабайт памяти под buffer_pool при размере базы в 70 Мб:
InnoDB buffer pool / data size: 1.0G/70.8M
Этот буфер должен быть чуть больше размера базы, так что если поменять значение в конфиге MySQL на
innodb_buffer_pool_size = 80M
то ваша проблема скорее всего будет решена. Можете выделить чуть больше памяти в зависимости от прогнозируемого роста БД.
Highest usage of available connections: 8% (12/136)
Это говорит о том, что max_connections = 136 для вас сильно много.
Лучше поставить чуть больше pm.max_children. С проблемой это не связано, но mysqltuner так будет показывать более похожие на реальность цифры.
После этих изменений посмотрите сколько памяти будет потреблять php при условиях, в которых у вас сейчас возникает нехватка памяти:
ps aux --sort rss | grep php | tail
Возможно имеет смысл уменьшить pm.max_children
Ещё можно попробовать использовать imagick вместо gd, он сильно экономнее по памяти на больших разрешениях.
UPD: на скриншоте в вашем UPD видно, что процессы php потребляют по 50 Мб каждый в пике. При pm.max_children = 50 это означает, что php может использовать до 50*50 = 2500 Мб из 1876 имеющихся. Либо оптимизируйте скрипты по памяти, либо уменьшите количество параллельных процессов php. Я бы предпочёл второй вариант, так как не похоже, что ваш сервер способен эффективно обрабатывать 50 запросов одновременно.