Николай Елисеев

Вам, наверно, тяжело искать заказчиков :)
Вот как скажу Вам: Вы можете свободно заключать договор со своими партнерами, делать работу и спокойно пугать судом. Более того, даже если с этим договором пойдете в суд, а по нему, например, не заплачены налоги, суд спокойно рассмотрит всё это дело и вынесет какое-то решение. Все дело в том, что:
1) Суд не интересует - платили Вы налоги или нет, так как это совсем другой вопрос из сферы хозяйствования. И такими делами, сперва, занимается должна налоговая - все проверить и т.п.
2) Суды рассматривают вопросы только касательно заявленного дела.

Платит налоги за Вас Ваш контрагент или нет - это все остается на его совесть: если не заплатил - ну и ладно, осталось на его совести. Не заплатил - значит пустил в черную. При этом, все равно договор носит юридическую силу по своим взаимоотношениям.

Я бы на Вашем месте регистрировал ИП на УСН с 6%, потому как знаю что для предприятия значит - оформлять сделку и проводить её по бухгалтерии с физиком. Больно много гемору, особенно для большой компании, где и без Вас хватает работы у бухов. Для Вас же - это возможность проще разговаривать с заказчиком, не обременяя его налогами и взносами.
При этом, учитывая все выше сказанное, Вас также, никто не заставляет платить налоги - не заплатили, значит пустили в черную: ни кто не запретит судиться по договору, а налоги - это Ваши хозяйственные дела, лежащие за договором, спрашивать за которые Вас будут совсем другие органы и по другому поводу.

P.S.: из практики скажу, ИПшек у нас, налоговики очень мало интересуют, да и вообще - пока не будет подозрения, что Вы вертите миллионами - Вы ни кому не интересны, что вы ИП что ООО.

Скажу так - дела Ваши, достаточно, печальный - если Вы задаетесь подобными вопросами. Срочно начинайте изучать все организационный вопросы.

0) Нашли от Лебедева - переделайте под себя и не мучайтесь. Чем меньше договор - тем хуже, меньше предусмотрено всякого рода подводных камней.
1) ТЗ отдельным приложением к договору, причем, неотъемлемой его частью. Будете вставлять в договор - это Вам придется каждый раз договор переписывать. Более того, каждый раз надо будет перезаключать, по сути, новый договор - если в ТЗ что-то поправить надо будет.
2) Даже не знаю как здесь сказать. Проще, в Вашем случае будет загуглить: "Счет на оплату" - первое что попадется, использовать как пример. Соответственно Вам придется только поменять реквизиты и вписать позиции.
3) Вчитайтесь внимательно. Подумайте. Что значит отражать этот договор на счете? Договор - это Ваши взаимоотношения с партнером, они кроме Вас, ни кого больше не интересуют.
4) Указывайте нумерацию как хотите, можно вообще не указывать, самое главное это дата договора и его суть.
5) Обратитесь к бухгалтеру - пусть он обслуживает Вас, а то В так далеко не уедете. Вообще что с налогами делать, надо посмотреть что у Вас за система налогообложения.
6) Вы можете все прописать в договоре. В ИП, принимайте деньги как хотите. Чтоб не платить с этого налоги, Ваш бухгалтер или Вы не должны указывать это в отчетности (для этого, деньги проще принимать на другой счет, на тот, который не фигурирует в налоговой).
7) Так и отражайте. У Вас, в договоре, наверняка есть/будет пункт относительно порядка и сроков сдачи и оплаты - вот там это и отражайте.
8) Вы оказываете услуги, следовательно, акт приема работ должен быть. Более ничего особого не надо.

Самый главный совет - в первом предложении, моего коммента.

@soif , в общем, все понятно с Вашей ситуацией.
@umarov , в ситуации @soif не важно где кто находиться.
@soif , все так и будет как я Вам описал. Только, с точки зрения бухгалтерии и юридических дел - все Ваши клиенты, которые будут получать от Вас денежку, будут вашими агентами. Если они юрики или ИПы, проблем нет - просто перечисляете столько, сколько надо. Проблемы будут - если они физики. Если они физики, то Вам придется взымать НДФЛ + платить взносы за человека в ПФРФ и ФСС, ФОМС.
Забегая вперед, если всем клиентам оказываете постоянные услуги, то Вам проще делать им скидку на сумму вознаграждения. Так делают, многие хостеры, как пример.
P.S.: то что Вы и бухгалтер и юрик - печально, в виду того что сейчас даже юрики на упрощенке обязаны вести бух учет. Так что, я советую Вам "сдаться" в бухгалтерскую компанию - это не дорого (сделайте им сайт :) и обеспечите себе годовое обслуживание на халяву). Заодно избежите кучи проблем в будущем, говорю Вам, чисто, исходя из своего опыта.