это так не работает и данные на флешку пишутся не от начала, а как то ещё?
Это действительно работает не так. Ячейка флэш-памяти имеет очень небольшой ресурс (несколько тысяч записей), поэтому контроллер флэш-памяти тасует их адреса, усредняя износ.
имеет ли смысл сейчас её очистить и забить первых 2 ГБ пустым файлом, а продолжать работу на второй половине, обеспечив ей таким образом ещё много лет тяжёлой но насыщенной жизни?
Так делать нельзя. Чтобы контроллер мог заниматься вышеупомянутой перетасовкой ячеек, ему нужен резерв пустых ячеек, и по этой причине флэшку нельзя заполнять "под завязку", надо обязательно оставлять свободное место (хотя бы 15...20% её ёмкости).
в первой половине флешки скорость работы с данными просела раз в 5 по сравнению со второй.
В правильно работающей флэшке контроллер старается обеспечить равномерный износ ячеек, для этого он по специальному алгоритму подменяет наиболее интенсивно используемые ячейки на другие, транслируя их физические адреса. В действительности вы имеете дело (ну, не вы, а ваша ОС) с виртуальными адресами, которые вам подсовывает контроллер. Поэтому говорить о том, что вот одна половина изношена, а другая нет - неверно. Впрочем, как оно было в трансендовских контроллерах 10-летней давности, не берусь судить - возможно, в те времена всё было проще.