Виктор

Если ищете альтернативу, то сформулируйте точный список опций оригинала, которые должны быть у заменителя. Вы пока это не сделали.
Поясню примером. Вот лично мне Скайп дорог тем, что при регистрации он не деанонимизирует пользователя - в отличие от очень многих якобы альтернатив он не просит номер мобилы, а довольствуется электропочтой. Единственный другой мессенджер, который тоже так умеет - это Токс. Но Скайп умеет показать Рабочий стол в реальном времени, а Токс такого не может (он может давать только серию статичных скриншотов). Если вам ценно только первое - Токс для вас альтернатива. Если второе - нет.

Вы не сообщили, что вы хотите от мессенджера, кроме безопасности? Возьмём за эталон предлагаемых опций Скайп, и если вам нужно всё то же, что предлагает Скайп, плюс ещё и безопасность, то такого не найдёте. Самый близкий по пользовательским опциям к Скайпу - это Tox: неплохое видео и звук, есть передача файлов, но нету показа Рабочего стола в видеопотоке (вместо этого пересылаются статические скриншоты). И разумеется, у Tox (в отличие от Скайпа и прочих) нет никакого центрального сервера, пользователи общаются между собой напрямую.

Я не знаток протоколов, так что прямо ответить не могу. Но по косвенным признакам можно констатировать, что использует, да. Признаки эти такие:
1. При начале сеанса связи канал устаканивается не моментально, а с запаздыванием в несколько секунд, во время которых звук идёт с заиканием, а изображение - с сильной пикселизацией, затем постепенно всё нормализуется.
2. Во время сеанса связи заметен лаг примерно 0,5...1 сек, это куда больше, чем у Скайпа, работающего через центральный сервер.
3. Токс в дежурном режиме постоянно потребляет трафик (порядка единиц килобайт в сек) - видимо, работая нодой, для создания канала другим пользователям.
Звиняйте, ежели что не так сказал - мой опыт использования Токса (версия 1.6, русифицированная) всего несколько сеансов.