Назар Мокринский

Посмотрите в gnome-session-properties - там может быть в списке, если есть, то просто убрать птичку

У вас на скриншоте и 3.0, и 3.2 - каша какая-то. Вот только что выполнил по их инструкции в чистой 14.04 - всё работает как часы.
Удалите всё что имеет отношение к mongodb в /etc/apt/sources.list.d/ и в файле /etc/apt/sources.list если там вдруг есть что, а потом опять по инструкции: https://docs.mongodb.com/master/tutorial/install-m...
И всё должно получиться.

Строки с Hit и Ign (и локализированные аналоги) можете смело игнорировать, это не ошибки.

Попробуйте запустить sudo update-grub. Эта команда просканирует какие ядра установлены и оставит в списке только их.

Первая команда более общая, вторая более конкретная. Я предпочитаю первую.
Отличие в том, что первая команда заработает в разных версиях Ubuntu, и в зависимости от того, что есть в наличии. В 14.04 это установит пятую версию, в 16.04 седьмую.

Я всегда при возможности устанавливаю общие версии, поскольку это так же упрощает обновление пакетов.
К примеру, можно поставить mariadb-server, а можно mariadb-server-10.1. Отличие в том, что со временем вы обновите дистрибутив, пакет mariadb-server-10.1 исчезнет, вместо него появится mariadb-server-11. В результате вы останетесь с устаревшей необновляемой версией mariadb. В случае с mariadb-server, во время обновления зависимость mariadb-server-10.1 будет предложена для удаления и mariadb-server-11 будет предложена для установки. Так намного проще поддерживать систему в актуальном состоянии.

P.S. Забудьте про mcrypt, библиотека безнадежно устарела, многие годы не обновляется и категорически не рекомендуется к использованию.

PulseAudio поверх ALSA, если состояние по умолчанию без явных ухищрений.

C LTS до LTS должна обновиться легче чем с 15.10 (в теории, так как разница в дистрибутивах больше, но тестируется тщательнее, ибо многие пользователи завязаны именно на LTS). Хотя в любом случае проблем возникать не должно. Настройте себе резервные копии и откатывайтесь назад если обновление завершилось неудачно и не знаете что с этим делать.

1) Не будут делать, он уже есть (точнее 2 - для десктопа и для мобильных; тот что для десктопа, к стати, выпилили в 16.04 и запилили GNOME Software вместо него)
2) Отказа пока нет, Snappy будет развиваться параллельно, в первую очередь будет использоваться для мобильных телефонов, маршрутизаторов и подобных вещей где обновления в виде снимков гораздо надежнее
3) Пакеты можно ставить и другими способами - через терминал или тот же Synaptic (я им постоянно пользуюсь, снес Ubuntu Software Center давным давно)
4) С дистрибутивами ничего не будет

В целом вы что-то услышали непонятно где и откуда. Ничего кардинально не изменится, как минимум для десктопа, в обозримом будущем.