Первая команда более общая, вторая более конкретная. Я предпочитаю первую.
Отличие в том, что первая команда заработает в разных версиях Ubuntu, и в зависимости от того, что есть в наличии. В 14.04 это установит пятую версию, в 16.04 седьмую.
Я всегда при возможности устанавливаю общие версии, поскольку это так же упрощает обновление пакетов.
К примеру, можно поставить mariadb-server, а можно mariadb-server-10.1. Отличие в том, что со временем вы обновите дистрибутив, пакет mariadb-server-10.1 исчезнет, вместо него появится mariadb-server-11. В результате вы останетесь с устаревшей необновляемой версией mariadb. В случае с mariadb-server, во время обновления зависимость mariadb-server-10.1 будет предложена для удаления и mariadb-server-11 будет предложена для установки. Так намного проще поддерживать систему в актуальном состоянии.
P.S. Забудьте про mcrypt, библиотека безнадежно устарела, многие годы не обновляется и категорически не рекомендуется к использованию.